隨著戰後棒球發展迅速，很快已經回復到戰前的水平，1948年開始發展兩個聯盟，並嘗試拉攏不同企業加入，1949年年正式將舊的聯盟解散，一共以十五支球隊分成兩個聯盟，分別在12月26日成立太平洋聯盟以及12月1日成立中央聯盟。並根據美國職棒的世界大賽設立7戰4勝的日本世界大賽（後來改稱日本大賽）。
新聯盟成立不久，部份球隊因為受不了成績差劣，與其他球隊合併或解散球隊，球隊數由15隊減到12隊。球隊發展開始在60年代開始走上了正軌。球季初期，球迷仍未對職棒深入了解，發生了數次的暴動。此外，由於早期有六支棒球隊的據點都在東京的關係，不時會出現主場球隊在第三地比賽的情況，直到今日仍有球隊有時會在別的球場進行「主場」比賽。
1965年及1973年，讀賣巨人連續九年奪得日本大賽冠軍(又稱為V9)。1973年太平洋聯盟根據美國聯盟，引進指定打擊制度。此外1969年到1972年發生黑霧事件，多名球員被終身停賽，以及1978年江川卓利用新人遴選的漏洞，拒絕加入阪神虎，堅持加入讀賣巨人，造成了職棒界有名史上空白的一天。八十年代末以及九十年代初，形成西武獅王朝。不過由於矚目的球星集中在中央聯盟，形成太平洋聯盟球隊觀眾人數較少，經營較為困難，在八十年代開始，太平洋聯盟球隊開始陸續出現了東主易手的情況。

1993年是職棒重要的分水嶺，一是日本職業足球聯賽成立，成功的宣傳策略，搶走了不少只看棒球的觀眾，事實上日本職業足球聯賽是亞洲近年發展速度最快的職業足球聯賽之一。二是從美國職棒大聯盟引入自由球員制度，只要在日本職棒擁有相當經驗的球員，在球季結束後就可以不需理會合約內容自由加入任何球隊，當中包括了日本職棒以及美國職棒大聯盟的球員，不少球員以自由身身份加入美國職棒，代表的球員有野茂英雄、田口壯、松井秀喜、佐佐木主浩、長谷川滋利、伊良部秀輝等。 此外，還有對美國職棒大聯盟對日本職棒球隊之間競標金制度，不少球隊以高價邀請日本職棒的優秀球員加盟，例如鈴木一朗、松坂大輔、城島健司等，近年隨一些棒球選手效力美國職棒大聯盟的球隊，球隊中的球員水平難免被削弱。 1983年，太平洋聯盟取消自1973年實行的兩季制，改為單季制度，2004年大阪近鐵野牛和歐力士藍浪合併，並於2005年重組成歐力士野牛，與以東北地區活動組成了東北樂天金鷲，解決了兩隊合併後的聯盟危機。 2005年，為了增加吸引力，首次在賽季上引入跨聯盟比賽，與跨聯盟球隊進行主客各三場的比賽。此外，第一個以地方為主的四國島聯盟亦開始成立。2006年日本棒球代表隊取得了第一屆世界棒球經典賽冠軍。2009年日本棒球代表隊，拿下了第二屆世界棒球經典賽冠軍，達成世界棒球經典賽的二連霸。